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并不会有危害的。因为清洗用柠檬酸是一种弱酸，并不具备毒性。而水垢的主要成分是碳酸盐，在高温条件下，清洗用柠檬酸与其会发生化学反应，形成酸碱中和，水垢就会溶于酸，达到去除水垢目的，而且某些食品中加入柠檬酸后口感好，并可促进食欲，在中国是允许果酱、饮料、罐头和糖果中使用柠檬酸。
把柠檬切片放入烧水壶（越薄越好，目的是让柠檬酸尽量释放出来）水烧开煮沸5分钟左右，烧开后让柠檬在水中浸泡2分钟即可除去。

水垢主要有以下几种清除方法：

1、小苏打除水垢。用结了水垢的铝制水壶烧水时，放1小勺小苏打，烧沸几分钟，水垢即除。

2、醋除水垢。如烧水壶有了水垢，可将几勺醋放入水中，烧一二个小时，水垢即除。如水垢中的主要成分是硫酸钙，则可将纯碱溶液倒在水壶里烧煮，可去垢。

3、离子交换除水垢法。采用特定的阳离子交换树脂，以钠离子将水中的钙镁离子置换出来，由于钠盐的溶解度很高，所以就避免了随温度的升高而造成水垢生成的情况。